Pierwsze wzmianki o wsi pochodzą z 1254 r. Miejscowość często zmieniała właścicieli, wśród nich byli duchowni i świeccy, m.in. Władysław Kronenberg w XIX w.

Parafia w Borzęcinie należy do najstarszych na Mazowszu. Powstała między rokiem 1166 a 1254. Pierwszy drewniany kościół, pw. św. Zygmunta, zbudowano tu w 1254 r. Od 1429 r. parafia podlegała klasztorowi kanoników regularnych w Czerwińsku, a od 1450 r. kanonikom regularnym przy kościele św. Jerzego w Warszawie. W międzyczasie istniało tu kilka kościołów drewnianych.

W 1622 r. w Borzęcinie wzniesiono kościół drewniany, ufundowany przez Stanisława Święcickiego, opata czerwińskiego, biskupa żmudzkiego. Kościół ten spłonął w 1852 r. Kolejny kościół, murowany z cegły, ufundowany przez Wincentego i Teklę Rapackich, wzniesiono w 1855 r. Konsekracja świątyni i nadanie jej obecnego wezwania nastąpiło w 1868 r. 

Kościół był odnawiany w: 1904, 1947, 1955 oraz w latach 90. XX w.