Bijące Serce Historii to zbiór tras i proponowanych sposobów zwiedzania warszawskich kościołów. Nazwa szlaku wyraża przekonanie, że w warszawskich kościołach zapisana została historia stolicy i Polski.
W pierwszej fazie tej części projektu "Skarbiec Mazowiecki" proponujemy zwiedzanie 48 świątyń, uwzględniają one podstawowe kategorie zwiedzania, np." kościoły wotywne, świątynie związane z kapłańską drogą bł. ks. Jerzego Popiełuszki, kościoły Traktu Królewskiego a także miejsca związane z bł. Janem Pawełem II.
Paulinów sprowadził do Warszawy w 1662 r. król Jan Kazimierz, który w ten sposób chciał wyrazić uznanie dla zakonu za dzielną obronę Jasnej Góry przed wojskami szwedzkimi w 1655 r. Osiedlono ich w zniszczonym, również przez Szwedów, w 1656 r. XIV-wiecznym, gotyckim, drewnianym kościele przy szpitalu św. Ducha (założonym przez księcia mazowieckiego Janusza Starszego), nazywanym potocznie „Za Murami”. Dar w postaci gruntu położonego pomiędzy ulicami Długą, Freta i Podwale przyjął ówczesny przeor zakonu i obrońca klasztoru w Częstochowie o.Augustyn Kordecki, który w początkowym okresie osiedlania się zakonu w Warszawie przebywał w mieście.
Świątynię oraz szpital wyremontowano i przystosowano do potrzeb klasztornych, ale w 1699 r. w czasie wizytacji przeora Jasnej Góry ks. Tomasza Gruszkowicza uroczyście położono kamień węgielny pod nowy kościół. Dzięki fundacji Jakuba Zygmunta Rybińskiego (wojewody chełmińskiego) i jego żony Heleny z Potockich rozpoczęto w 1701 r. jego budowę według projektu i pod kierunkiem Józefa Pioli, później Józefa Szymona Bellottiego, a następnie Franciszka Ceroniego. Budowę ukończono w 1724 r., pięć lat później świątynię konsekrował biskup poznański Jan Joachim Tarło.
W 1746 r. wprowadzono do kościoła kopię jasnogórskiego obrazu "Matka Boża". Po wejściu do Warszawy wojsk napoleońskich w klasztorze urządzono koszary żołnierzy francuskich. Na krótko paulini wrócili jeszcze na ulicę Długą, ale w 1819 r. dostali nakaz przeniesienia się do Częstochowy. Klasztor i kościół oddano pod zarząd Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych, później Bractwa św. Benona (skupiającego katolików obcego pochodzenia w Polsce, głównie prześladowanych w ich krajach), Uniwersytetu Warszawskiego, który otworzył w klasztorze seminarium główne, będące częścią wydziału teologicznego, wreszcie diecezji, która przeznaczyła kościół na świątynię rektorską. 26 lutego 1861 r.wyszła z kościoła manifestacja patriotyczna przeciwko rosyjskim władzom okupacyjnym, którą spacyfikowano już na Rynku Starego Miasta.
W 2. pol. XIX w. w ramach poszerzania ulicy Freta zbudowano przed kościołem dwubiegowe schody z podestem, na którego parapecie umieszczono w 1863 r. figurę Najświętszej Marii Panny Niepokalanie Poczętej dłuta Tadeusza Czajkowskiego. W czasie powstania warszawskiego kościół zapalił się od bomb niemieckich, w pożarze zginęło kilkadziesiąt osób chroniących się w kościele oraz prawie całe wyposażenie świątyni. Po wojnie kościół został odbudowany i zwrócony paulinom,którzy wrócili do Warszawy po ponad stuletniej nieobecności i osiedlili się w części dawnego klasztoru.