Wraz z rozwojem Siedlec jako miasta gubernialnego w końcu XIX w. konieczna była budowa świątyni mogącej pomieścić rosnącą liczbę wiernych, którzy dotychczas korzystali z posługi duszpasterskiej parafii św. Stanisława biskupa i męczennika. Za zgodą władz carskich ks. Józef Scipio del Campo wybudował w latach 1906-1912 nową wielką świątynię, którą biskup lubelski Franciszek Jaczewski konsekrował 21 września 1913 r. Kościół otrzymał wezwanie Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny.

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości Stolica Apostolska wznowiła diecezję podlaską. W 1924 r. kościół pw. Niepokalanego Poczęcia NMP w Siedlcach został katedrą diecezji podlaskiej, która w 1992 r. została zmieniona na diecezję siedlecką.

Świątynia katedralna była świadkiem wielu wspaniałych uroczystości, m.in. ingresu bp. Henryka Przeździeckiego i kolejnych biskupów oraz pogrzebu bp. Jana Mazura. Tu powitano w odrodzonej Polsce powracające na swoje miejsca wizerunki Matki Bożej Kodeńskiej i Matki Bożej Leśniańskiej. Wielkim wydarzeniem była 10 czerwca 1999 r. wizyta papieża Jana Pawła II, który odprawił Mszę św. dziękczynną za beatyfikację męczenników podlaskich z Pratulina.