Franciszkanie reformaci osiedlili się w Warszawie w 1623 r. i przejęli teren ofiarowany przez króla Zygmunta III Wazę przy ul. Senatorskiej. Budowa pierwszego drewnianego kościoła, którego patronem na życzenie króla został św. Antoni Padewski, trwała kilka lat. Konsekracja świątyni nastąpiła w 1635 r.

 

Obecna murowana świątynia została wzniesiona w latach 1668-1680 według projektu arch. Szymona Józefa Bellottiego dzięki fundacji Stanisława Leszczyca Skarszewskiego, kasztelana wojnickiego. Zgodnie z wolą fundatora i przeznaczeniem świątyni na narady i konwokacje podczas sejmów, franciszkanie odstąpili od zasady regulującej budowę świątyń według przepisów i tym samym powstała duża i bogata świątynia, którą konsekrował biskup poznański Stefan Wierzbowski w dniu 31 sierpnia 1681 r. Równolegle z budową kościoła powstawał budynek klasztorny, który został ukończony dopiero po 65 latach. Kolektorami kościoła byli kolejni królowie Polski.

 

Na potrzeby króla Augusta III Sasa architekt królewski J.D. Jauch zaprojektował specjalne oratorium, zwane lożą królewską. To pomieszczenie po prawej stronie prezbiterium miało osobne wejście i przejście przez ogród do Pałacu Saskiego, rezydencji króla.

 

W 1792 r. arch. Hilary Szpilowski wybudował krużganki, które przetrwały do chwili obecnej. Zostały one wzniesione dla wygody i usprawnienia dojścia do kościoła oddalonego znacznie od ulicy. Po kasacie klasztoru po powstaniu styczniowym opiekę nad kościołem przejęli księża diecezjalni, którzy dokonali adaptacji wnętrza, m.in. likwidując chór zakonny i powiększając prezbiterium. W 1895 r. ukończono budowę kaplicy św. Rodziny - w miejscu skarbca i loży królewskiej.

 

Podczas walk w czasie powstania warszawskiego kościół uległ zniszczeniu, jego konieczna odbudowa była prowadzona po roku 1945. Decyzją abp. Stefana Wyszyńskiego w 1949 r. franciszkanie reformaci powrócili do Warszawy i objęli swoją dawną siedzibę.