Szlak " Sakralne Perły Mazowsza" to pierwszy etap prezentacji najcenniejszych obiektów sakralnych na Mazowszu. Znajdą się na nim zarówno zabytki tej klasy, co katedra w Płocku, jak i sanktuarium w Loretto, czy kaplica w Choszczówce, związana ze sługa Bożym kard. Stefanem Wyszyńskim. O ich znaczeniu decydują zarówno walory historyczne, jak i religijne - wiele z nich to interesujące miejsca pielgrzymkowe lub związane z wybitnymi postaciami polskiego życia religijnego i patriotycznego.

Gród w Ciechanowie, notowany już w 1065 r., posiadał prawdopodobnie kościół w formie pre romańskiej rotundy pw. Świętych Apostołów Piotra i Pawła. W1385 r.przy istniejącym kościele została erygowana parafia. Na miejscu poprzedniego kościoła za czasów książąt mazowieckich zbudowano drewniany kościół parafialny pw. NMP, który spłonął w 1476 r.

Obecna  murowana  świątynia powstała w latach 1515-1525.Konsekracji dokonał biskup płocki Andrzej Noskowski w 1551 r. Obszerna trójnawowa budowla z dwiema bocznymi kaplicami posiadała pierwotnie jedenaścieołtarzy. Kościół ten stał się kościołem farnym dla powstającego miasta Radomia.

Podczas wojen szwedzkich w 1657 r. ciechanowska fara uległa w dużym stopniu zniszczeniu. Była ona również miejscem sejmików szlachty ziemi ciechanowskiej, podczas których niejednokrotnie dochodziło do bójek z użyciem szabel. W 1701 r. podczas sejmiku kościół został sprofanowany,w jego murach zostało zabitych kilku obradujących szlachciców.

Pierwsza restauracja świątyni została wykonana w 1781 r. staraniem ks. Macieja Rydzewskiego. W 1807 r. podczas kampanii napoleońskiej Francuzi urządzili w kościele piekarnię. Spaleniu uległo wówczas całe wyposażenie wnętrza. Ocalał jedynie krzyż z XVI w.umieszczony na belce tęczowej i krucyfiks z XVII w.

W XIX w. kościół był dwukrotnie remontowany: w latach 1822-1823 za czasów ks. Rajmunda Bagieńskiego z fundacji gen. Wincentego Krasińskiego oraz w latach 1876-1878.Na szczycie Farskiej Góry w 1889 r. wybudowano neogotycką dzwonnicę.

W czasie I wojny światowej Niemcy zajęli świątynię na szpital wojskowy.Mimo trwających działań wojennych w latach 1913-1920 przebudowano świątynię według projektu architekta Stefana Szyllera. Kościół otrzymał wówczas sklepienia gwiaździste i zakrystię. W latach 70. XXw. ks. Czesław Głowicki przeprowadził rozbudowę plebanii. W 2012 r. wnętrze kościoła odnowiono i wykonano konserwację polichromii, przywracając świątyni jej dawny blask.