Bijące Serce Historii to zbiór tras i proponowanych sposobów zwiedzania warszawskich kościołów. Nazwa szlaku wyraża przekonanie, że w warszawskich kościołach zapisana została historia stolicy i Polski.
W pierwszej fazie tej części projektu "Skarbiec Mazowiecki" proponujemy zwiedzanie 48 świątyń, uwzględniają one podstawowe kategorie zwiedzania, np." kościoły wotywne, świątynie związane z kapłańską drogą bł. ks. Jerzego Popiełuszki, kościoły Traktu Królewskiego a także miejsca związane z bł. Janem Pawełem II.
Powstanie w 1408 r. Nowego Miasta spowodowało utrudnienia dla mieszkańców w uczęszczaniu do kolegiaty św. Jana., która mieściła się w obrębie murów Starej Warszawy. Książę mazowiecki Janusz I Stary i jego żona Danuta Anna, córka Kiejstuta, a siostra Witolda, fundują rok później kościół farny. W 1411 r. biskup poznański Wojciech Jastrzębiec poświęcił świątynię usytuowaną na skarpie wiślanej. Pierwszy murowany kościół w stylu gotyckim był wielkości dzisiejszego prezbiterium, które następnie powiększono o trzy nawy. Wiernymi kościoła byli rybacy i rzemieślnicy.
W 1538 r. król Zygmunt Stary nadaje przywilej fundacji szpitala-przytułku dla starców, który istniał do 1939 r. W wyniku decyzji króla Zygmunta Augusta kościół wraz z dochodami do 1608 r. był pod zarządem kapituły przy kościele św. Jana.
W 1581 r. została zbudowana wieża jako osobna budowla połączona łącznikiem z korpusem kościoła. Z opisu z 1. poł. XVII w. wiemy, że we wnętrzu świątyni było 11 ołtarzy i organy, a na wieży były dzwony i zegar. W kościele była również kaplica św. Benona, w której odprawiano nabożeństwa w języku niemieckim i węgierskim. Podczas potopu szwedzkiego wnętrze kościoła zostało splądrowane i zniszczone.
Tu kończyły się procesje, które wyruszały spod kolegiaty św. Jana. Ciekawostką jest to, że w 1731 r. w czasie procesji Bożego Ciała grała orkiestra ciemnoskórych muzyków, którą wystawił król August III Mocny.
W 1781 r. całą świątynię otynkowano z zewnątrz, skutkiem czego zatarto wszelkie ślady gotyckie. W XIX w. miały miejsce dwie znaczące przebudowy, m.in. podjęto próbę regotyzacji kościoła. W latach 1906-1915 architekci Józef Pius Dziekoński i Stefan Szyller dokonali pseudohistorycznej przebudowy.
W 1939 r. kościół został częściowo uszkodzony w wyniku bombardowania, a w 1944 r. spalony przez Niemców. Po 1945 r. świątynia została odbudowana, przywrócono XV-wieczną formę gotycką z zachowaniem barokowych kaplic. Projekt odbudowy opracowała arch. Halina Kosmólska, zaś prace były prowadzone pod kierunkiem arch. Beaty Trylińskiej. Poświęcenie kościoła nastąpiło w 1. rocznicę bitwy pod Grunwaldem, stąd narodziła się tradycja, że jest to kościół wotywny za odniesione zwycięstwo.