Bijące Serce Historii

W pierwszej fazie tej części projektu "Skarbiec Mazowiecki" proponujemy zwiedzanie 48 świątyń, uwzględniają one podstawowe kategorie zwiedzania, np."  kościoły wotywne, świątynie związane z kapłańską drogą bł. ks. Jerzego Popiełuszki, kościoły Traktu Królewskiego a także miejsca związane z bł. Janem Pawełem II.

W dokumencie papieskim z 1356 r. czytamy o przywileju sprowadzenia augustianów na Mazowsze przez księcia Ziemowita III i jego żonę Eufemię. 

Pierwotnie drewniany kościół był wybudowany odwrotnie tzn. wejście znajdowało się od strony murów miejskich. W 1478 r. pożar zabudowy ulicy Piwnej spowodował zniszczenie wnętrza drewnianego kościoła (ocalał ołtarz główny). Dzięki nadaniom biskupim oraz nadaniu przez papieża odpustu zupełnego w dniu św. Marcina kościół miał wielu ofiarodawców i został szybko odbudowany, w stylu gotyckim. Zaszczytem było wybranie klasztoru augustianów na miejsce sejmików szlachty mazowieckiej.

W 1. poł. XVII w. kolejną przebudowę przeprowadzono pod nadzorem Jana Spinoli, w wyniku czego kościół otrzymał wystój barokowy oraz wejście główne od ulicy Piwnej. Ostatnia znacząca przebudowa świątyni miała miejsce w 1. poł. XVIII w. Powstała wówczas nowa fasada kościoła według projektu Karola Baya.
W dniu 28 sierpnia1744 r. biskup łucki Franciszek Kozielski, kanclerz królowej Marii Józefy, żony Augusta III, dokonał konsekracji świątyni. Po kasacie zakonu w 1683 r. kościół przeszedł pod administrację archidiecezji warszawskiej. 

Podczas powstania warszawskiego kościół św. Marcina został prawie całkowicie zburzony.  Odbudowa Starego Miasta w latach 1949-1962 objęła również świątynię poaugustiańską.

W 1956 r. decyzją Prymasa Stefana Wyszyńskiego zespół kościelno-klasztorny został przekazany Zgromadzeniu Sióstr Franciszkanek Służebniczek Krzyża (z Lasek). Pierwszym powojennym rektorem kościoła i kapelanem sióstr, zasłużonym zarówno dla Kościoła, jak i dla miasta, był ks. Bronisław Dembowski, późniejszy biskup włocławski.