Pierwszy drewniany kościół w Zerzeniu został wybudowany z fundacji rodziny Zerzeńskich w 1403 r. W trzy lata później, w roku 1406, biskup poznański Wojciech Jastrzębiec erygował parafię, jedną z najstarszych na terenach obecnej Warszawy.

 

Drewniany kościół spłonął w czasach potopu szwedzkiego. Odbudowany, przetrwał do początków XVIII w. Po kolejnym pożarze, zerzeńska parafia pozostawała bez świątyni przez prawie 150 lat. W 1880 r. rozpoczęto budowę murowanego kościoła z fundacji właścicielki dóbr wilanowskich Aleksandry Potockiej. Ukończenie budowy i konsekracja świątyni nastąpiły w 1888 r. Kościół przetrwał do czasów II wojny światowej. W 1944 r. został poważnie uszkodzony przez artylerię, prawdopodobnie ze względu na swoją charakterystyczną strzelistą sylwetkę. Powojenna odbudowa trwała do lat 70. XX w. Zakończona została odtworzeniem wnętrza i budową dzwonnicy.