Szlak " Sakralne Perły Mazowsza" to pierwszy etap prezentacji najcenniejszych obiektów sakralnych na Mazowszu. Znajdą się na nim zarówno zabytki tej klasy, co katedra w Płocku, jak i sanktuarium w Loretto, czy kaplica w Choszczówce, związana ze sługa Bożym kard. Stefanem Wyszyńskim. O ich znaczeniu decydują zarówno walory historyczne, jak i religijne - wiele z nich to interesujące miejsca pielgrzymkowe lub związane z wybitnymi postaciami polskiego życia religijnego i patriotycznego.

Kobylniki po raz pierwszy pojawiają się na kartach historii w roku 1394. Wówczas były wsią znajdującą się w dobrach klasztoru z niedalekiego Czerwińska. W XV w. jej właścicielami byli Kobylniccy herbu Prawda,w których rękach wieś pozostawała do końca XVIII stulecia.

Prawdopodobnie już w 1. poł. XIV w. w Kobylnikach została erygowana parafia. Wtedy też zbudowano kościół drewniany, który w 1.poł. XVI w. (około 1520 r.) został zastąpiony zachowaną do dzisiaj świątynią murowaną. Powstała ona z fundacji Mikołaja, kanclerza płockiego, kanonika płockiego i pułtuskiego, zarazem sekretarza króla Zygmunta I Starego oraz Stanisława, starosty przasnyskiego i chorążego zakroczymskiego.

Na początku XVIII w. kościół był w stanie ruiny,ale już w latach 1725-1728 został wyremontowany. Po 1817 r. kolejni właściciele Kobylnik zdecydowali o rozebraniu kaplicy pw. Świętego Krzyża, która pełniła rolę kaplicy grobowej Kobylnickich. Wówczas do wnętrza kościoła przeniesiono dwa zachowane nagrobki, pochodzące z 2. poł. XVI w.

Kościółpw. św. Anny w Kobylnikach, jak zdecydowana większość świątyń na Mazowszu,został wybudowany na osi wschód-zachód z wejściem głównym od zachodu. Jest więc świątynią orientowaną.

Późnogotycka budowla murowana z cegły, charakterystyczna dla terenów północnego Mazowsza,została wzniesiona na planie wydłużonego prostokąta z przyporami (czyli pionowymi elementami konstrukcyjnymi w postaci filara przyściennego) o bokuuskokowym, rozmieszczonymi w narożach oraz wzdłuż ściany północnej i południowej. Prezbiterium, niewyodrębnione wewnątrz, zamknięte jest ścianą prostą. Do niego od północy przylega prostokątna zakrystia. W elewacji północnej widoczna jest zamurowana arkada, która przed 1817 r. stanowiła przejście do kaplicy pw. Świętego Krzyża.

We fragmentach ścian północnej i zachodniej zachowały się charakterystyczne dla gotyku romby, układane z ciemno palonej cegły, zwanej zendrówką. Poprzez tworzenie takich geometrycznych wzorów starano się urozmaicać powierzchnie ścian kościołów murowanych z cegły. Tył prezbiterium i szczyt od zachodu zostały otynkowane po II wojnie światowej.

Nad nawą i prezbiterium znajduje się wspólny dla obu części nowo ukształtowany dach dwuspadowy, pierwotnie zapewne ujęty był z obu stron w schodkowe szczyty,przechodzące w sterczyny. Dzisiaj z obu stron zamykają go trójboczne szczyty z okulusami.Nad zakrystią znajduje się daszek pulpitowy, będący przedłużeniem dachu głównego. Wszystkie pokryte są dachówką.Na kalenicy, nad początkową częścią nawy, została umieszczona ośmioboczna wieżyczk ana sygnaturkę, z dachem ostrosłupowym, zwieńczonym krzyżem. 

Świątynia posiada układ salowy - jednoprzestrzenne wnętrze na planie prostokąta, z nawą i prezbiterium równej szerokości, bez wyraźnego rozgraniczenia pomiędzy tymi częściami.Nad nawą i prezbiterium znajduje się wspólny dla obu części strop z fasetą, w zakrystii - sklepienie kolebkowo-krzyżowe.

Najcenniejszymi,a zarazem najbardziej przykuwającymi wzrok zabytkami, są dwa XVI-wieczne nagrobki członków rodziny Kobylnickich, przeniesione na obecne miejsca z kaplicy pw. Świętego Krzyża.

• Renesansowy nagrobek, wykonany zapewne w latach 1560-1570 z piaskowca dla Mikołaja Kobylnickiego (zmarłego w 1558 r.), kanclerza płockiego, kanonika płockiego i pułtuskiego, a także sekretarza króla Zygmunta I Starego. W jego centralnej części zmarły został przedstawiony jako drzemiący na tumbie (czyli renesansowym grobowcu w kształcie kamiennej skrzyni), trzymający w ręku kielich mszalny (dzisiaj zachowana tylko jego podstawa). Ponad postacią zmarłego znajduje się płaskorzeźba przedstawiająca postać błogosławiącego Boga Ojca. - na północnej ścianie prezbiterium
• Manierystyczny, piętrowy nagrobek z piaskowca, który powstał około 1590 r. Został wykonany dla upamiętnienia drugiego z fundatorów kościoła - Stanisława Kobylnickiego, starosty przasnyskiego i chorążego zakroczymskiego (zmarłego w 1576 r.) oraz jego dwóch kolejnych żon - Zofii ze Szreńskich i Izabelli z Trzcińskich. Na wyższej kondygnacji przedstawiono zmarłego jako półleżącego rycerza w zbroi, natomiast w niższej kondygnacji - postacie obu zmarłych żon Stanisława Kobylnickiego, ubrane w szaty zakonne. - na północnej ścianie nawy

Autorstwo tego nagrobka przypisywane jest Santi Gucciemu, znanemu rzeźbiarzowi i architektowi pochodzenia włoskiego, który byłm.in. nadwornym artystą królów: Zygmunta Augusta, Henryka Walezego i Stefana Batorego.

• Barokowy ołtarz główny, datowany na 2. ćw. XVIII w. (być może jego pojawienie się ma związek z gruntownym remontem świątyni, przeprowadzonym w latach 1725-1728) został umieszczony w niewielkiej półkoliście zamkniętej wnęce, usytuowanej w ścianie wschodniej prezbiterium.  W jego polu środkowym znajduje się gotycko-renesansowa rzeźbiona grupa św. Anna Samotrzecia (czyli przedstawienie św. Anny z Matką Bożą i małym Jezusem), datowana na 1. poł. XVI w. (około 1530-1540).
• W polu głównym ołtarza bocznego, pochodzącego z XVII w., a przerobionego w XIX w., znajduje się XVII-wieczny obraz „Matka Boża z Dzieciątkiem”.
• Drugi ołtarz boczny - umieszczony we wnęce północnej ściany nawy - z figurą Ukrzyżowanego Jezusa Chrystusa w otoczeniu naturalnej wielkości postaci Matki Bożej i św. Jana.
• Drewniany chór muzyczny z 2. poł. XIX w., wsparty na dwóch słupach. Na nim umieszczone zostały organy, wykonane w 1904 r. w firmie Leopolda Hartmana w Warszawie.

Teren przykościelny otoczony jest ażurowym, ceglanym murem na kamiennej podmurówce z bramą główną od południa.

• Od wschodu w ogrodzenie wkomponowana jest parawanowa dzwonnica o dwóch arkadach, pochodząca z 1880 r. Podobnie jak ogrodzenia jest ona murowana z cegły i częściowo tynkowana.
• Nad wejściem bocznym do kościoła, usytuowanym w ścianie południowej nawy, możemy zobaczyć kartusz kamienny z herbem Prawda, którym pieczętowali się Kobylniccy.
• Nad wejściem głównym umieszczony jest kamienny element z datą 1728, na pamiątkę zakończonego wówczas gruntownego remontu świątyni.
• Na południe od ogrodzenia kościelnego, przy drodze prowadzącej do bramy głównej, na wysokim kamiennym fundamencie stoi figura Matki Bożej, ufundowana przez parafian w 1955 r.

Połowa XIV w. - Prawdopodobnie wtedy została erygowana parafia pw. św. Anny.

1394 r. - Pierwsza wzmianka o Kobylnikach.

1725-1728 - Gruntowny remont kościoła po zniszczeniach dokonanych na początku XVIII w.

Po 1817 r. - Rozebranie kaplicy grobowej Kobylnickich pw. Świętego Krzyża i przeniesienie zabytkowych nagrobków do wnętrza kościoła.

1827 r. - We wsi Kobylniki było 14 domów i 127 mieszkańców.

1883 r. - Miejscowa parafia należała do dekanatu płockiego diecezji płockiej i liczyła 900 wiernych.

1883 r. - Kobylniki liczyły 24 domy i 401 mieszkańców.

2006 r. - Parafia w Kobylnikach należała do dekanatu Wyszogród diecezji płockiej i liczyła 1100  wiernych.

Kościół w Kobylnikach jest jednym z sześciu obiektów w projekcie „Skarbiec Mazowiecki 2 - rozwój i komercjalizacja produktu”, które znajdują się na szlaku „Perły Mazowsza”. Wśród świątyń północnej części Mazowsza znalazły się na nim również:

● Bożewo - miejscowość położona26 km na południowy-zachód od Sierpca (dojazd przez Mochowo), z kościołem parafialnym pw. św. Andrzeja Apostoła, pochodzącym z przełomu XV i XVI w.

● Brok - miejscowość położona 18 km na południe od Ostrowi Mazowieckiej, z kościołem parafialnym pw. św. Andrzeja Apostoła,  pochodzącym z połowy XVI w.

● Drobin - miejscowość położona35 km na południowy-zachód od Płocka (dojazd przez Bielsk), z kościołem parafialnym pw. Matki Bożej Różańcowej, pochodzącym prawdopodobnie z 2. poł. XV w.

● Giżyce - miejscowość położona15 km na północny-zachód od Sochaczewa (dojazd przez Sarnów), z kościołem parafialnym pw. św. św. Piotra i Pawła, pochodzącym z 1439 r.

● Kleczkowo - miejscowość położona25 km na wschód od Ostrołęki (dojazd przez Troszyn), z kościołem parafialnym pw. św. Wawrzyńca, pochodzącym z lat 1512-1518, odbudowanym w latach 1951-1954.