Szlak " Sakralne Perły Mazowsza" to pierwszy etap prezentacji najcenniejszych obiektów sakralnych na Mazowszu. Znajdą się na nim zarówno zabytki tej klasy, co katedra w Płocku, jak i sanktuarium w Loretto, czy kaplica w Choszczówce, związana ze sługa Bożym kard. Stefanem Wyszyńskim. O ich znaczeniu decydują zarówno walory historyczne, jak i religijne - wiele z nich to interesujące miejsca pielgrzymkowe lub związane z wybitnymi postaciami polskiego życia religijnego i patriotycznego.

Według niektórych źródeł już przed XV w. istniał w Giżycach niewielki kościółek drewniany. Równie dobrze mogła to być kaplica, którą wznieśli Giżyccy herbu Gozdawa, ówcześni właściciele wsi.

Zachowany do dzisiaj kościół murowany został zbudowany w 1439 r. dzięki staraniom jednego z kolejnych właścicieli, Pawła Giżyckiego. Działo się to w czasie, gdy zaczął on kierować diecezją płocką.  Jeszcze w tym samym roku przy nowym kościele nowy biskup płocki erygował samodzielną parafię pw. św. św. Piotra i Pawła.

Według wizytacji przeprowadzonej w 1603 r. jego potomkowie zaniedbali kościół do tego stopnia, że jest on opisany jako „bardzo zrujnowany”.

Nie wiadomo, czy wkrótce przeprowadzono jego restaurację, wiadomo natomiast, że kolejną przeprowadzono w 1849 r. Wówczas m.in. przebudowano otwory okienne, a od zachodu dobudowano kruchtę. W takim stanie kościół przetrwał do 1915 r., gdy podczas działań I wojny światowej został poważnie uszkodzony. Jego remont trwał aż do 1929 r.

W okresie II wojny światowej został zamknięty dla wiernych w 1942 r., a w jego wnętrzu urządzono stajnię dla koni. Po zakończeniu działań wojennych kościół ponownie zaczął pełnić rolę świątyni parafialnej.

Podczas gwałtownej burzy, 17 lipca 1973 r., w kościół uderzył piorun, uszkadzając część dachu nad nawą. Prace przy jego naprawie trwały do 1974 r. Wówczas również, jak napisano w kronice parafialnej: „zmieniono instalację elektryczną, zainstalowano elektryczne ogrzewanie, wymalowano kościół oraz zostały oszklone wszystkie okna w świątyni”.