Szlak " Sakralne Perły Mazowsza" to pierwszy etap prezentacji najcenniejszych obiektów sakralnych na Mazowszu. Znajdą się na nim zarówno zabytki tej klasy, co katedra w Płocku, jak i sanktuarium w Loretto, czy kaplica w Choszczówce, związana ze sługa Bożym kard. Stefanem Wyszyńskim. O ich znaczeniu decydują zarówno walory historyczne, jak i religijne - wiele z nich to interesujące miejsca pielgrzymkowe lub związane z wybitnymi postaciami polskiego życia religijnego i patriotycznego.

Pierwszy drewniany kościół pw. Wniebowzięcia NMP, św. Apostołów Piotra i Pawła, św. Andrzeja oraz św. Katarzyny ufundował w tym miejscu Piotr Pietkowicz (Pietkiewicz), dworzanin księcia mazowieckiego Janusza I. Parafia węgrowska została erygowana w 1414 r. przez bp. Piotra Pełkę. W tym samym roku książę czerski i warszawski Bolesław IV nadał miejscowości prawo chełmińskie (potwierdził je w 1650 r. król Jan Kazimierz).

Na początku XVI w. powstała świątynia murowana. W czasie reformacji, w 1558 r., kościół przejęli protestanci, którzy zwrócili go katolikom dopiero w 1597 r. W 1703 r. Szwedzi - którzy zajęli Węgrów w czasie wojny północnej - z pomocą węgrowskich protestantów spalili kościół. Na jego zgliszczach wojewoda płocki Jan Bonawentura Krasiński, wybudował nową świątynię, w stylu barokowym, pw. Wniebowzięcia NMP, św. Apostołów Piotra, Pawła i Andrzeja. Konsekracji świątyni dokonał 13 listopada 1707 r. biskup łucki i brzeski Aleksander Benedykt Wyhowski z Wyhowa.

W latach 1707-1839 opiekę nad kościołem sprawowali księża komuniści, zwani bartoszkami. Biskup Władysław Jędruszuk 24 grudnia 1992 r. podniósł świątynię do rangi kolegiaty.

Szczególnym kultem otaczana jest tu przywieziona z Fatimy statua Matki Bożej Fatimskiej. Dekretem z dnia 28 lutego 1996 r. bp Antoni Dydycz potwierdził istniejący kult Matki Bożej i ogłosił kościół maryjnym sanktuarium diecezjalnym.

Papież Jan Paweł II 4 kwietnia 1997 r. nadał świątyni godność bazyliki mniejszej.

W ciągu wieków kościół był niejednokrotnie odnawiany z zewnątrz. Były także prowadzone prace konserwatorskie wewnątrz. Ostatnia rewitalizacja została przeprowadzona na początku XXI w.